Dopo le loro precedenti avventure per salvare l'universo, Ratchet e Clank si sono guadagnati fama intergalattica, con il piccolo robot ora protagonista di una serie TV tutta sua, Agente Segreto Clank, affiancato a malavoglia da Ratchet in qualità di spalla (un ruolo che non sembra renderlo troppo felice). Ma quando il Presidente galattico contatta la coppia richiedendo il loro aiuto per la salvezza dell'universo - di nuovo - la stravagante coppia interstellare mette da parte le proprie 'divergenze creative' e parte per combattere il Dr Nefarious - un supercattivo robotico con piani di conquista interplanetaria.
